発生原因は水質の悪化や光量不足・光量過多や水換えを怠った結果亜硝酸濃度の増加など様々な悪条件が重なり発生します。

又、水槽セット直後の新しい水の時はバクテリアが安定していないので、この時期に大量に魚を入れたり、餌を与えすぎたりするとコケが発生しやすく、1ヶ月ぐらいは魚の数・えさの量を極力抑えて濾過装置にも吸着性の濾材（活性炭）などを使ってアンモニアを強制的に取除く事をお勧めします。

除去には「毎日の水質管理」・「生物的除去」・「物理的除去」の３つの方法があり、「水質管理」は、ＰＨチェックと亜硝酸濃度のチェックを日々行い、適度な水換えとＣｏ２の強制添加により水草による光合成を促進させ底砂の不純物を肥料として吸いとらせる自然濾過作用を促してやる事です。

光（適度な蛍光灯の照射時間とワット数）と水（適度な水質・硬度）二酸化炭素（魚が出すＣｏ２+魚の数+Ｃｏ２強制添加）これら光合成の三要素が均等を保てば水は濁らず、コケが発生しない重要な予防にもなります。

「生物的除去」とは、コケを好んで食べてくれる生物を飼育する事です。プレコストマス・オトシンクルス・ヤマトヌマエビ・ビーシュリンプ・イシマキガイなどが一般的ですが、現在貴方が飼育している魚と飼育面で可能かどうかの選択が必要です。プレコやオトシンは当然熱帯魚部門なのである程度（２４℃以上）の水温が必要ですしエビ類・貝類などは比較的低水温で活発に活動してくれます。

中にはこれらのコケ退治部隊にコケと一緒に食べられてしまう水草もあり同居にはショップの人と相談の上購入して下さい。

「物理的除去」とは、既に生えてしまったコケを市販のクリーナーや定規を使い、ガラス面についたコケを拭き取ります。水草の葉についたコケは濾過装置に使うｳｰﾙなどを小さくちぎって拭き取ってやります。造花や、装飾品などはバケツに取り出しお酢漬けにすると擦らずに綺麗に取れます。